Hola, para georefereciar las fotos yo uso CompeGPS pero es un programa de pago. Puedeis usar OziPhotoTool que es gratuito (si no lo vas a usar de forma profesional) y que debe ser bueno ya que se desarrolló como complemento de OziExplorer, un referente en progrmas de cartografía para GPS, (yo no lo he usado).
Para hacerlo bien es importante que las fotos tengan la hora "en punto", es evidente que si no está bien de hora la georefenciación que haga el programa no servirá de mucho. Yo, por ejemplo, suelo hacer una foto al GPS donde se vea la hora que tiene, de esta forma se exactamente la diferecia que hay entre la hora GPS y la de la cámara. Los programas que os dije más arriba tienen la posibilidad de añadir un desfase para corregir esa diferencia. También podeís calcular la "desincronización" (¿estará bien dicho?) partiendo de una foto que sepais exactamente donde está hecha y comparar su hora con la del track en ese punto.
También hay programitas que corrigen la hora en la foto, yo uso ExifToolGUI (gratuito). Le dices que fotos quieres corregir la hora, le dices que desfase quieres introducir (suma 54 segundos o resta 3 minutos 22 segundos, el que sea) y las tienes sincronizadas con la hora GPS.
Un saludo, abuJavi.